R语言可视化之UpSetR包

简介

集合可视化我们用得最多的是韦恩图，韦恩图在集合数少的时刻是很好用的，然则当集合数多比如五个以上的时刻那就会看花眼了，比如下面这副含有6个集合韦恩图，是揭橥在Nature汕９依υ?┞仿里的，漂亮是漂亮，然则眼都快看花了。

今天介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，来源竽暌冠UpSet，Python琅绫擎也有一个类似的包py-upset。此外还有个UpSetR shiny app以及源代码。

安装

R说话可视化之UpSetR包

两种方法安装：

#大年夜CRAN安装  
install.packages("UpSetR")  
#大年夜Github上安装  
devtools::install_github("hms-dbmi/UpSetR")

数据导入

UpSetR供给了两个函数fromList以及fromExpression将数据转换为UpsetR实用的数据格局。

#fromList  
listinput <- list(one = c(1, 2, 3, 5, 7, 8, 11, 12, 13), two = c(1, 2, 4, 5, 
 
10), three = c(1, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13)) 
 
#fromExpression 
 
expressionInput <- c(one = 2, two = 1, three = 2, `one&two` = 1, `one&three` = 4, 
 
`two&three` = 1, `one&two&three` = 2)

接下来就可以绘制绘制图形了

library(UpSetR)  
upset(fromList(listinput), order.by = "freq")  
#下面绘制的图形等同于上图  
upset(fromExpression(expressionInput), order.by = "freq")

R说话可视化之UpSetR包

参数详解

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下面所有的例子都将应用UpSetR内置的数据集movies来绘制。

#导入数据  
movies <- read.csv(system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), header = TRUE, sep = ";")  
#先大年夜致浏览一下该数据集,数据集太长，就只看前几列  
knitr::kable(head(movies[,1:10]))

R说话可视化之UpSetR包

该数据集展示的是片子名(name)、发行时光(ReleaseDate)以及片子类型，多了去了就不详匠了棘自个可以看去。

UpsetR绘制集合可视化图形应用函数upset()。

upset(movies, nsets = 6, number.angles = 30, point.size = 2, line.size = 1, mainbar.y.label = 	
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